Gaismas un elektronu mikroskopi atšķiras viens no otra. Salīdziniet līdzīgu terminu variācijas.
Optiskais mikroskops var redzēt tikai noteiktas šūnu struktūras, piemēram, šūnu sienas, hloroplastus, iezīmētas hromosomas, mitohondrijus, kodolus utt., Turpretī elektronu mikroskops var novērot visas šūnu struktūras. Vienkārši sakot, gaismas mikroskops var atklāt šūnas mikroskopisko struktūru, savukārt elektronu mikroskops var atklāt tās submikroskopisko sastāvu.
Palielinājums ir galvenā atšķirība. Neatkarīgi no tā, cik tālu tiek izmantots, optiskajiem mikroskopiem ir maksimālais palielinājums, ko cilvēka acs nevar saskatīt. y(min)=0.61*viļņa garums / (n*sinu) Maksimums ir aptuveni 1,5, pat ja n*sinu ir iegremdēts eļļā, un atlikušie daudzumi ir atkarīgi no viļņa garuma. Tāpēc tuvināšana ir veltīga, jo optiskā mikroskopa maksimālais palielinājums ir aptuveni 1000 reizes. Tā kā elektronu mikroskopa attēlveidošanā izmantoto elektronu staru viļņa garums ir ievērojami īsāks nekā redzamās gaismas viļņa garums, tie var izšķirt sīkas detaļas, ļaujot palielināt līdz pat vairākiem miljoniem.
