Ir divu veidu fluorescences mikroskopi, ņemot vērā to optiskos ceļus:
1. Transmisijas fluorescences mikroskops: ierosmes gaismas avotu izmanto, lai ierosinātu fluorescenci, izlaižot parauga materiālu caur kondensatora lēcu. Var izmantot arī parasti izmantotos tumšā lauka koncentratorus, un parastos koncentratorus var izmantot, lai pielāgotu reflektoru, lai novirzītu un novirzītu ierosmes gaismu uz paraugu. Šis ir salīdzinoši vecs-modīgs fluorescences mikroskops. Tā priekšrocība ir spēcīga fluorescence zemā palielinājumā, bet trūkums ir tas, ka tā fluorescence samazinās, palielinoties palielinājumam. Tāpēc tas ir labāks lielāku paraugu materiālu novērošanai.
2. Krītošās gaismas fluorescences mikroskops ir jauna veida fluorescences mikroskops, kas izstrādāts mūsdienās. Atšķirībā no iepriekš minētā ierosmes gaisma nokrīt no objektīva lēcas uz leju uz parauga virsmu, izmantojot to pašu objektīvu kā apgaismojuma kondensatoru un objektīva lēcu fluorescences savākšanai. Optiskajam ceļam, kas atrodas 45 grādu attālumā no gaišā urāna, jāpievieno divu krāsu staru sadalītājs. Leņķis, ierosmes gaisma tiek atspoguļota objektīva lēcā un fokusēta uz paraugu. Parauga radītā fluorescence, kā arī ierosmes gaisma, kas atstarota no objektīva lēcas virsmas un vāka stikla, nonāk objektīva lēcā un atgriežas divkrāsu staru kūļa sadalītājā, atdalot ierosmes gaismu un fluorescenci. Pēc tam atlikušo ierosmes gaismu absorbē bloķējošais filtrs. Ja tiek izmantotas dažādas ierosmes filtru/divkrāsu staru atdalītāju/bloķējošo filtru kombinācijas, tās var apmierināt dažādu fluorescējošu reakciju produktu vajadzības. Šī fluorescences mikroskopa priekšrocības ir vienmērīgs lauka apgaismojums, skaidra attēlveidošana un spēcīgāka fluorescence ar lielāku palielinājumu.
