1. Dažādi apgaismojuma avoti
Mikroskopā izmantotais apgaismojuma avots ir elektronu pistoles izstarotā elektronu plūsma, un optiskā mikroskopa apgaismojuma avots ir redzamā gaisma (saules gaisma vai gaisma). Tā kā apakšplūsmas viļņa garums ir daudz īsāks nekā gaismas viļņa viļņa garums, elektronu mikroskopa palielinājums un izšķirtspēja ir ievērojami augstāka nekā gaismas spoguļa. .
2. Dažādas lēcas
Objektīva lēca, kas palielinās elektronu mikroskopā, ir elektromagnētiskā lēca (gredzenveida elektromagnētiskā spole, kas var radīt magnētisko lauku centrā), un optiskā mikroskopa objektīvs ir optiskā lēca, kas izgatavota no stikla. Elektronu mikroskopos ir trīs elektromagnētisko lēcu grupas, kas ir līdzvērtīgas kondensatora objektīva un okulāra funkcijām optiskajos mikroskopos.
3. Dažādi attēlveidošanas principi
Elektronu mikroskopā elektronu staru kūli, kas iedarbojas uz pārbaudāmo paraugu, palielina ar elektromagnētisko lēcu un pēc tam attēlveidošanai iedarbojas uz fluorescējošu ekrānu vai attēlveidošanai iedarbojas uz gaismjutīgu plēvi. Elektronu blīvuma atšķirības mehānisms ir tāds, ka tad, kad elektronu stars iedarbojas uz pārbaudāmo paraugu, krītošie elektroni saduras ar vielas atomiem, radot izkliedi, un dažādām parauga daļām ir atšķirīga elektronu izkliedes pakāpe, tātad parauga elektronu attēls ir attēlots toņos. Parauga objekta attēls optiskajā mikroskopā tiek parādīts ar spilgtuma atšķirību, ko izraisa dažādu parauga struktūru absorbētās gaismas daudzuma atšķirība.
4. Izšķirtspēja
Gaismas traucējumu un difrakcijas dēļ optisko mikroskopu izšķirtspēju var ierobežot tikai līdz 02-05um. Tā kā elektronu mikroskopi izmanto elektronu starus kā gaismas avotus, atteices ātrums var sasniegt no 1 līdz 3 nm. Tāpēc optisko mikroskopu audu novērošana pieder mikronu līmeņa analīzei, bet elektronu mikroskopu audu novērošana pieder nano līmeņa analīzei.
5. Laukuma dziļums
Parasti optiskā mikroskopa lauka dziļums ir no 2-3um, tāpēc parauga virsmas gludums ir ļoti prasīgs, tāpēc parauga sagatavošanas process ir salīdzinoši sarežģīts. SEM gars var sasniegt vairākus metrus, tāpēc parauga virsmas ģeometrijas gludumam nav prasības, parauga sagatavošana ir salīdzinoši vienkārša, un dažām paraugu ģeometrijām nav nepieciešama parauga sagatavošana. Stereo mikroskopiem ir salīdzinoši liels lauka dziļums, taču to izšķirtspēja ir ļoti zema.
6. Tiek izmantotas dažādas paraugu sagatavošanas metodes
Submikroskopiskai novērošanai izmantoto audu un šūnu paraugu sagatavošanas procedūra ir sarežģīta, tai ir lielas tehniskas grūtības un izmaksas. Paraugu ņemšanas, fiksācijas, dehidratācijas un iegulšanas posmos ir nepieciešami īpaši reaģenti un darbības. Visbeidzot, iegultie audu bloki ir jāievieto ultramikrotomā, lai sagrieztu īpaši plānos paraugos, kuru biezums ir 50–100 nm. Ar gaismas mikroskopiju novērotos paraugus parasti novieto uz stikla priekšmetstikliņiem, piemēram, parastiem audu šķēlumu paraugiem, šūnu uztriepes paraugiem, audu presētiem paraugiem un šūnu pilienu paraugiem.
7. Palielinājums
Optiskā mikroskopa efektīvais palielinājums ir 1000X. Laba elektriskā mikroskopa efektīvais palielinājums var sasniegt 1000 000X.
